馬克思主義學院，前身系1998年新疆醫學院與新疆中醫學院兩校合并成立新疆醫科大學時設立的人文社會科學部。2017年4月25日成立馬克思主義學院，是直屬學校領導的獨立二級機構。
馬克思主義學院是學校意識形態工作的最前沿陣地，肩負著傳承發展馬克思主義、引領社會主義人才培育，貫徹黨中央治疆方略，培養政治合格的醫療衛生事業人才的重要使命。統一開設全校思想政治理論課，統一管理思想政治理論課教師，統一負責馬克思主義理論學科建設。是學校本科教學的重要環節。
學院現有教職員工43人，專職教師39人，師生比為1:252。下設學院辦公室、教科辦和5個教研室：“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”教研室、“思想道德修養與法律基礎”教研室、“馬克思主義基本原理概論”教研室、“中國近現代史綱要”教研室和形勢與政策課教研室。學院擁有1個校級研究平臺：“新疆醫科大學醫學人文研究所”，1個校級對口協作研究中心：2017年成立的“吉林大學——新疆醫科大學一帶一路民心相通智庫”。
學院現有一個二級學科碩士學位授權點（思想政治教育專業）；一個自治區級思政課重點建設課程《毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系概論》，一個校級重點學科“毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論”。馬克思主義理論學科已經被學校確立為重點扶持學科。