水利建筑工程學院水利工程系成立于2009年6月，源自始建于1960年的農田水利工程專業（石河子大學前身石河子農學院創院之初的4個專業之一）。現有農業水利工程和水利水電工程2個本科專業，下設灌溉排水工程教研室、水工結構工程教研室、水文水資源教研室、測量學教研室和巖土工程教研室5個教研室。
師資力量
水利工程系現有教職工33人，其中教授11人，副教授11人，講師11人，具有高級職稱教師比例達66.6%；具有博士學位15人，碩士學位15人，碩士研究生學歷以上教師占90.9%。享受國務院特殊津貼專家3人，百千萬人才1人，專任教師榮獲農業部突出貢獻專家1人，入選中國農業水土工程學會副主任委員1人，教育部教學指導委員會委員3人，綠洲學者1人，兵團英才4人，石河子大學3152青年骨干教師7人。
學科建設與人才培養
水利工程系現有自治區重點學科“農業水土工程”，校級重點學科“水文學與水資源”和“水利水電工程”；擁有兵團重點實驗室“現代節水灌溉兵團重點實驗室”，兵團級協同創新中心“棉花生產技術現代化協同創新中心”，校級重點實驗室“石河子大學干旱區水資源高效利用重點實驗室”，以及校外試驗站“石河子大學節水灌溉試驗站”。
從1960年開始招收農田水利工程專業的本科生，1998年該專業更名為農業水利工程專業，2013年入選教育部“卓越工程師計劃”，經過50余年的建設發展，農業水利工程專業已成為新疆生產建設兵團的特色專業，2015年通過中國工程教育認證，是新疆第一個通過中國工程教育認證的專業。2011年開始招收水利水電工程專業的本科生。1990年獲批農業水土工程碩士點（石河子大學是全國農業水土工程碩士專業發起創建單位之一），2005年獲批農業工程一級學科碩士點，2011年獲批農業工程一級學科博士點和水利工程一級學科碩士點。現每年招收本科生120余名，碩士生近40名，博士生3～5名，已形成了以本科為主，具有博士、碩士及各種培訓班的多層次多形式的人才培養體系。
科學研究與社會服務
水利工程系學術隊伍結構合理、學科門類齊全，學科群體優勢顯著，結合專業前沿與新疆地域特色，不斷進行科學研究，積極開展社會服務。在干旱區節水灌溉理論與技術、干旱區水資源優化配置與高效利用、綠洲鹽堿地水利改良與治理等領域形成了鮮明的研究特色。先后承擔完成了國家“九五”、“十五”科技攻關項目、國家“十一五”、“十二五”科技支撐計劃項目、國家“863”項目、國家“973”前期專項項目及課題、國家973項目專題、國家自然科學基金-新疆聯合基金重點項目、水利部公益性行業專項項目、國家自然科學基金項目、兵團科技攻關項目等省部級以上科研項目50多項，取得了一批研究成果。近年5年來，發表核心期刊論文200余篇，其中三大檢索收錄論文63篇；參編和出版教材專著20余部；獲批國家發明專利、實用新型專利及軟件著作權50余項；獲省部級獎11項，其中兵團科技進步一等獎3項，二等獎2項。
水利工程系正乘著國家“一帶一路”建設、振興中西部高校和新疆兵團全面深化改革的春風，朝著建設“國內先進，中亞一流”的特色專業目標邁進。